Tubilla del Agua está situado al norte de la provincia de Burgos (España), en la Comarca de las Loras, entre los puntos kilométricos 46 y 47 de la carretera nacional 623 que va desde Burgos a Santander.

Si vas desde Burgos a Santander, tras pasar por el  Páramo de Masa, entrarás en un profundo valle (el del Río Rudrón) y el primer pueblo que vas a encontrar es Tubilla del Agua.
Si sigues en dirección a Santander, te encontrarás con Covanera, San Felices, y ya en el Cañón del Ebro, con Quintanilla Escalada. No te pierdas estos paisajes. Mas adelante entrarás en Cantabria por el puerto del Escudo.